清洗前先將設備停止運行，通常在對小型純水系統進行清洗時，只需要準備一個潔凈的塑料無壓力容器（一般容量在60L即可）與兩根軟管，一根接入增壓泵的進水口，一根接入主機的排水口，將兩根軟管的另外一頭放入容器中部；然后在容器內注入50L的純凈水，再投加一包RO膜清洗劑（這里需要根據水質情況以及膜的污染情況來選擇適合的清洗劑）；如果用酸堿清洗的話，則需要先做酸洗后再進行堿洗；把原水泵開關調到停止位置，啟動增壓泵對其進行藥物清洗，一般清洗30-45分鐘；清洗完成后，按照正常的工作狀態恢復管路，另外必須要用淡水再沖洗30分鐘，以免藥物殘留影響產品水質。
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